國家高速網路與計算中心
  國網中心     | 生物化學資料庫服務    
 
 
回首頁    | 好站連結    | SiteMap

 三維影像國際合作

 2005識之精微

 會議展示及參訪

 好站連結
最新消息
NGS分析平台
Olfactory DB
生物知識庫
知識庫服務說明
生技新知 
生物計算服務系統
生物計算服務說明   
生物序列分析     
軟體與資料庫 
結構生物軟體 
生醫影像軟體 
關於我們
認識生物計算小組
台灣生物資訊學會
聯絡我們
 
基因組測序及分析
    (3302 閱讀)   友善列印
基因組測序及分析︰

目前美國(CDC, USA)和加拿大(BCCA Genome Sciences Centre, British Columbia Centre for Disease Control and National Microbiology Laboratory Canada)的實驗室完成SARS病毒的基因組測序。 比較二者已經公開的病毒全基因組序列, 發現有很小的差異。 美國Urbani株長度為29, 727 nt, 其5端多出一段TTATTAGGTTTTTAC(15nt); 加拿大病毒株長度為29, 736nt, 其3端多出24個A。 相對於Urbani株, 加拿大病毒株其他位置的差別依次為︰

7919(T→C), 16622(T→G), 19064(G→A), 19183(C→T), 20596(A→G), 20910(G→T), 23220(T→G), 24872(C→T), 26857(C→T)。
除了這些差別, SARS病毒基因組與其他冠狀病毒的結構相似。 初步的基因組註釋在NCBI完成, 預測得到的主要蛋白質有RNA聚合黴蛋白(聚合黴1a, 1b), S蛋白(spike protein), E蛋白(small membrane protein), N蛋白(nucleocapsid protein)等。 使用Clustalx 1.82, 用 neighbor-joining tree方法構建的冠狀病毒的進化關係樹如下︰


M蛋白︰





N蛋白︰



S蛋白︰


可以看出, SARS病毒明顯不同於同其他三個冠狀病毒群, 可能歸屬於新的冠狀病毒群。 和其他人類及動物冠狀病毒相比, 核酸序列相似性分數是0.56-0.63, 氨基酸序列的相似性分數是0.57-0.74。
 

在NCBI, SARS病毒為查詢序列對nr庫按默認條件進行blastx搜索, 發現下列幾種病毒和SARS病毒的序列相似性較高︰


NC_002645, human coronavirus 229E, 27,317bp, AF304460

NC_001846, Murine hepatitis virus, 31,357bp

NC_001451, Avian infectious bronchitis virus, 27,608bp

NC_003045, Bovine coronavirus, 31,028bp

NC_003436, Porcine epidemic diarrhea virus, 28,033bp

NC_002306, Transmissible gastroenteritis virus,complete genome, 28,586 bp


總體上看, 幾種病毒的基因組結構非常相似。 通過病毒基因組之間的比較, 14k-16k的位置, 對所有病毒, 都是較為保守的區域。 這區域編碼RNA-dependent RNA polymerase, 推測病毒的複製直接使用該黴。 下圖以人冠狀病毒說明病毒的基因組結構。

  

[ 回到 非典型肺炎(SARS) | 專欄索引 ]