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基因體研究所(TIGR)資料庫介紹
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TIGR資料庫(http://www.tigr.org/db.shtml)原先由基因體研究所(The Institute for Genomic ResearchTIGR)所維護,於200610TIGR與數個研究單位合併成為新J. Craig Venter研究所(new J. Craig Venter InstituteJCVI),其他單位包含有J. Craig Venter科學基金會、Joint Technology Center以及Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA),目前這些單位形成了一個多領域的基因體研究機構,共計有超過500個科學家及成員,以及二十五萬平方英呎的實驗室空間,坐落於馬里蘭州的Rockville以及加州的La Jolla,並且新J. Craig Venter研究所是世界的基因體研究領導者,因此,目前TIGR資料庫由JCVI做為主要的維護者。

TIGR的基因體計畫是要收集經專家確認的資料庫,包含有DNA及蛋白質序列、基因表現、細胞角色、蛋白質家族以及微生物、植物及人類的分類資料。共包含下列資料庫:

  • 1. 綜合微生物資源網(Comprehensive Microbial ResourcesCMR)

這個資料庫儲存了所有公開的完整原核生物基因體資訊,並透過免費的網頁進行展示,除了可以很方便的在一個網站同時取得所有物種資料,儲存於資料庫裡的各資料型態也囊括各個物種,並且跨物種的分析指出各個不同基因體之間的異同處。目前此資料庫共收集401種物種,其中370種為細菌、28種古生菌,以及3種病毒。其網址為:http://www.tigr.org/cmr

此資料庫提供的服務包含有:

  • (1) 基因體工具(Genome Tools):此工具可以尋找物種清單及統整資訊,並且可以分析選擇的基因體。
  • (2) 搜尋(Searches):此工具可以針對CMR搜尋基因、基因體、序列區域以及與其他資料庫的相關資訊。
  • (3) 比較工具(Comparative Tools):此工具可以設定各種不同的條件,進行多基因體比較,包含序列同源性以及基因特性,SNP的資料也可在此工具中搜尋。
  • (4) 清單(Lists):此工具可以選擇下載基因及與其他資料庫相關聯的資訊清單。
  • (5) 下載(Downloads):此工具可以下載所有基因序列或是CMR中其他特性資料,或是連結到他們的FTP網站。

 

  • 2. 尚未完成的微生物基因體(Unfinished Microbial Genomes)

目前共有100(或品系)尚未完成的微生物基因體在此資料庫中,這些基因體正由基因體研究所進行定序、組合及註解當中,涵蓋了重要的環境、衛生及食品產製相關的微生物物種。此資料庫提供的資料及服務包含有該物種分類相關訊息,以及可以對該物種進行序列比對的功能。其網址為:http://www.tigr.org/tdb/ufmg/index.shtml

  • 3. 植物基因體(Plant Genomics)

此部份收集了諸多植物物種的基因體序列及註解資料庫,以及功能性基因體資料庫,序列及註解資料庫包含有蓖麻子(Castor bean)、小麥、阿拉伯芥、稻米、玉米、松樹、苜蓿(Medicago truncatula,為豆科模式植物)以及植物重複序列,而功能性基因體資料庫部份,包含有馬鈴薯,以及玉米、稻米、阿拉伯芥的寡核苷酸微陣列資料庫。其網址為http://www.tigr.org/plantProjects.shtml

  • 4. 寄生蟲資料庫(Parasites Databases)

此部分收集了數種完成及未完成的寄生蟲基因體資料庫包含有派金蟲(Perkinsus marinus寄生於軟體動物的寄生蟲)、小泰勒蟲(Theileria parva藉壁蝨傳染的牛隻寄生蟲)、焦蟲(Babesia bovis牛隻寄生蟲亦會感染人類)、馬來絲蟲(Brugia malayi,經由蚊類感染人類的寄生蟲)、痢疾阿米巴原蟲(Entamoeba histolytica)、瘧原蟲(Plasmodium spp.)、弓蟲(Toxoplasma gondii,貓科動物寄生蟲)、陰道鞭毛滴蟲(Trichomonas vaginalis)、錐蟲(Trypanosoma spp.,造成昏睡病及查洛斯病的病原體),以及血吸蟲(Schistosoma mansoni)等。其網址為:http://www.tigr.org/parasiteProjects.shtml

  • 5. 其他真核生物計畫(Other Eukaryotic Projects)

此部份包含了四膜蟲(Tetrahymena thermophila一種鞭毛蟲)、埃及斑蚊(Aedes aegypti)載體、馬鈴薯粒線體基因體資料庫,以及小繭蜂病毒(Bracovirus)比較基因體資料庫。其網址為:http://www.tigr.org/eukProjects.shtml

  • 6. 基因目錄(Gene Indices)

The Gene Index(TGI)計畫目標在於大規模收集不同物種(包含動物、植物、真菌及單細胞生物,共計91種生物)的完整基因目錄,EST序列提供了大部分基因存在的證據以及該基因的結構,所以利用這樣的序列進行基因的註解,另外他們亦提供不同物種間相關基因與調控網路的交互參照,使得研究人員更能容易瞭解基因的調控機制。原先TGI由位於馬里蘭的基因體研究所(TIGR)所維護,目前已轉移至哈佛大學Dana-Farber癌症研究所維護。其網址為:http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/

  • 7. TIGR蛋白質家族(TIGRFAMs)

TIGRFAMs是利用隱藏式馬可夫模型(Hidden Markov ModelsHMMs)所建立的蛋白質家族利用此網站可以瀏覽各個蛋白質家族經確認的種子序列的排比狀況,以及所有家族成員全序列相互排比的結果。除了排比結果外,此網站亦對各蛋白質進行功能分類,可以查詢到基因所扮演的角色,以及相關的文獻資料。其網址為:http://www.tigr.org/TIGRFAMs/

  • 8. 真菌資料庫(Fungal Databases)

此部份包含了麴菌(Aspergillus spp.)以及新型隱球菌(Cryptococcus neoformans)等基因體資料庫。其網址為:http://www.tigr.org/tdb/fungal/index.shtml

  • 9. 瘤胃纖維分解菌(Fibrolytic Ruminal Bacteria)

纖維分解菌為牛隻體內協助消化植物纖維的共生菌,在畜牧業發達的現在,增進菌體分解纖維能力可以加速牛隻營養的吸收,以促進肉牛或乳牛的生長,以求得更多的產量,故進行牛隻瘤胃纖維分解菌的基因體計畫。此網站共計有下列為菌體的基因體資料庫:Fibrobacter succinogenes S85Ruminococcus albus 8Ruminococcus flavifaciensPrevotella ruminicolaClostridium acetobutylicum ATCC824Wolinella succinogenes其網址為:http://www.tigr.org/tdb/rumenomics/

  • 10. TIGR微生物監測站(TIGR Microbial Observatories)

基因體研究所在美國四地設立海洋微生物監測站分別是蒙特利灣(Monterey Bay)、夏威夷海域時間序列測站(Hawaii Ocean Time Series)、德拉瓦灣(Delaware Bay)以及南冰洋(Antarctic Ocean)。這些觀測站於海洋環境中取樣,並建立大型基因庫,進行序列比對分析註解,甚而進行全基因體序列的定序,以建立監測所有海洋微生物的DNA微陣列,做為探究生物起源以及監測環境變化的基石。其網址為:http://www.tigr.org/tdb/MBMO/

  • 11. 基因體特性資料庫(Genome Properties Database)

這個資料庫包含有從完整序列的基因體中,萃取出可以數值化或是有明確文字定義的原核生物特性,而這些數值與定義都是經由電腦程式的計算,並經過人工確認後的結果,這些特性包括分類地位、基因體數值計算、生化代謝路徑、大分子的交互作用,以及一些從文獻收集的實驗觀測(表型)結果。其網址為:http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/genome_properties

  • 12. 感染性病原基因體資料庫(Gemina)

GeminaGenomic Metadata for Infectious Agents的縮寫,是一個設計來從相關的流行病資料中,鑑別感染性病原體以及他們的代表基因體序列的網頁系統,Gemina支援偵測病源體的特徵試驗法,或是一系列的由馬里蘭大學建立的Insignia特徵流程法建立的病原體。使用者可以經由選擇病源體、宿主、疾病、分類地位,以及傳染途徑查詢相關資料。其網址為:http://gemina.tigr.org/

  

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