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Bioinformatics Knowledge Database 國網中心生物知識庫與生物計算服務系統: 期刊導讀

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結合基因表現及蛋白質網路找出優先基因的新方法
貼出者為 slayers 於Thursday, December 21 @ 15:23:29 CST(1282閱讀)
$topictext 動機:辨認特定表現型(phenotype)或特質相關的候選基因(Candidate gene)是在生物及生物醫學研究上的一個重要課題。整合不同來源的資料來排定基因優先順序是基礎且重要的方法,當許多表現型的候選基因被研究出來後,便已產生了多種整合性的方法,但是,當沒有候選基因不存在時,如何針對特定表現型排序優先基因順序還是一個深具挑戰性的問題。 結果:我們發展一個新方法以利用整合基因表現資訊和蛋白質交互網路資料,去排序與特定表現型相關基因的優先順序,當這個方法被應用到酵母菌(Yeast)的基因表現資料和具有不同可靠度的基因表現資料時,我們的方法比起單只利用基因表現或蛋白質交互網路資料,以排序基因優先順序的方法要來的好,而我們的方法也勝過目前被廣泛使用的基因排序演算法GeneRank,我們便將這個新方法應用到排序阿茲海默症(Alzheimer's disease)的基因優先順序。  Ma et al. Nov 10. Bioinformatics. (2006) [NCBI原始文獻連結]

果蠅RNA干擾篩選中普遍存在的非目標影響現象
貼出者為 slayers 於Wednesday, December 20 @ 00:28:03 CST(1429閱讀)
$topictext   動植物細胞內的RNA干擾(RNA interference)是由長度大約為21~23的短核苷酸片段,透過與目標基因序列部份互補的方式,來調控基因在不同層級的表現。  透過結合許多物種基因體被定序,RNA干擾實驗有機會讓我們有系統的檢驗該物種所有基因具有的功能,但是由於RNA干擾序列不需要和目標訊息RNA產生完美的配對,造成RNA干擾會在干擾目標訊息核糖核酸之餘,會同時干擾到其他訊息核糖核酸的表現。  而在果蠅(Drosophila)細胞內導入雙股RNA(dsRNA)後,一種被稱為''Dicer"的核酸內切脢可將雙股RNA切割成小RNA干擾序列(siRNA),有效降低干擾非目標訊息RNA(off-targeting effect)的機率,研究人員針對果蠅S2R+細胞建立全基因的核酸干擾篩選,以篩選出全新可能的形態決定素Wingless(Wg)訊息傳導路徑的組成成份。  而在他們的結果中,發現這些組成成份可以透過利用非目標干擾影響已知路徑,或者是透過dsRNA和基因上的連續三核苷酸(trinucleotide)重複所產生的非目標干擾,進而影響Wg的反應,在篩選出來的組成名單中,有時會過度的預測,推測是偽陽性所造成的,他們提供一個簡易的評估方法,用來提升果蠅或其他物種中所做的全基因篩選的可靠性。Ma et al. Nature. Sep 21;443(7109):359-63. (2006) [NCBI原始文獻連結]

與胚胎幹細胞多能化相關的蛋白質交互網路
貼出者為 slayers 於Thursday, December 14 @ 16:01:05 CST(1363閱讀)
$topictext   胚胎幹細胞(Embryonic stem cells)具有多能性(pluripotency),以及應用於再生醫療的治療潛能,從分子層次去了解多能性,可以釐清幹細胞的基本性質和細胞重新編程(reprogramming)的步驟。
  利用一種被同源結構(homeodomain)蛋白質Nanog所啟動的過程,透過細胞融合,體細胞可以取得胚胎細胞的表現型,Nanog負責維持胚胎幹細胞的多能性,並且被認為跟其他因子,例如 Oct4、Sox2,同樣具有建立胚胎幹細胞特性的功能,研究人員發現包含Nanog作用在老鼠胚胎幹細胞現象的蛋白質網路,在天然環境下循環利用親和純化(affinity purification)以及質譜儀(mass spectrometry)分析此蛋白質, 他們辨認出與之相關聯的蛋白質(包含Oct4),他們選取其中部分蛋白質做驗證,並建立其交互網路.
  他們發現這個交互網路富含維持胚胎幹細胞狀態以及調控分化的細胞核因子, 此網路亦連結到多個共抑制路徑,並且由許多被假定為轉錄目標的編碼基因組成,由上述種種關係顯示,這個緊密的蛋白質網路,似乎能做為多能化細胞的模型。
Wang et al. Nature. Nov 16;444(7117):364-8. (2006) [NCBI原始文獻連結]

弟妹增加兄姊罹患腦癌的可能性
貼出者為 c00hpl00 於Wednesday, December 13 @ 16:50:08 CST(1382閱讀)
$topictext

利用基因表現資料進行反應路徑辨識與擴充分析
貼出者為 TerryYeh 於Tuesday, December 05 @ 14:57:52 CST(1407閱讀)
$topictext QPACA(Quantitative Pathway Analysis in Cancer)系統是一個用來分析反應路徑脈絡的系統,他可以用來展示反應路徑,並且著重於解決反應路徑辨識與擴充分析的問題。

植物免疫系統
貼出者為 slayers 於Thursday, November 30 @ 23:09:37 CST(1412閱讀)
$topictext 許多跟植物相關的微生物是會損害植物生長及繁衍的病原菌,植物利用兩種不同的內部免疫系統以抵抗感染。第一種為辨認不同微生物共有的分子並做出反應,其中包括非病原菌;第二種對直接或間接影響寄主的病原毒性物質做出反應。這些植物免疫系統和對病原分子的反應,提供了涵蓋分子辨認、細胞生物以及跨不同生物界演化的獨特觀點,深入了解這些植物的免疫作用,可以進而改良作物,以提高食物、纖維及生質燃料的生產。
原學術論文:  Jones J.D., Dangl J.L. Nature. Nov 16;444(7117):323-9. (2006) [NCBI 原始文獻連結]

人類小腦萎縮和神經退化相關的蛋白質交互作用網路
貼出者為 slayers 於Sunday, November 19 @ 23:32:26 CST(1328閱讀)
$topictext   許多遺傳了神經退化性疾病的人被認為是由於小腦內柏金氏細胞退化所造成的失衡現象。 雖然這些造成失衡的基因突變已被廣為研究,但是多數相關蛋白質的功能卻尚未為人所知。為了要揭開這些蛋白質的功能,貝勒大學的科學家們利用來自與23個小腦萎縮基因相關的54個蛋白質,建立其間的交互作用網路,並利用現有文獻和演化保留的交互關係來擴展網路。 科學家們利用酵母菌雙雜交篩選法辨認出770個新的交互作用關係,測試了其中75對後,發現83%的交互作用出現在哺乳動物細胞中。許多造成萎縮的蛋白質之間,有共同的交互作用對象, 其中有一部分被發現在模式動物中與參與了修飾神經退化。科學家們所研究出的交互作用體提供一個了解神經退化失衡的病理機制以及辨認可能造成萎縮基因的有效工具。
原學術論文:  Lim et al. Cell. May 19;125(4):801-14. (2006) [NCBI 原始文獻連結]




蛋白質結構的變動有助於酵素進行催化作用
貼出者為 TerryYeh 於Thursday, September 21 @ 10:52:33 CST(1642閱讀)
$topictext 在今年九月份《科學》期刊(Science)當中,由Scripps Research Institute 的Boehr與同事發表的一篇文章顯示酵素在結構上的變動(fluctuation)有助於增加酵素與受催化物質結合的機率,而在文章中更提出酵素結構上的變動可進一歩牽涉到整個反應作用的循環機制,讓酵素在進行催化作用上更有效率。

會傳染的腫瘤??
貼出者為 TerryYeh 於Wednesday, September 06 @ 15:27:47 CST(1781閱讀)
$topictext 以英國倫敦大學學院的科學家為首的研究團隊使用分子演化的方式證實犬傳染性生殖道腫瘤(canine transmissible venereal tumor, CTVT)這種犬科特有的腫瘤確實是由腫瘤細胞經性交傳染所導致。並且推定這種特殊的腫瘤大約在兩千五百年前到兩百年前在東亞的一隻狼或是狗的身上初次產生。

診測嬰幼兒自閉症障礙可提早至二歲
貼出者為 TerryYeh 於Friday, August 25 @ 16:15:38 CST(1868閱讀)
$topictext 研究顯示早期診斷有助於自閉症兒童的早療教育。但根據現有的醫學報告,自閉症要到三歲以後才能被明確診斷。最新發表的研究則發現:兩歲大的正常幼兒與自閉症兒之間已具有顯著發展差異。由於目前尚未有對自閉症的醫學診斷測驗,檢定嬰幼兒的發展分歧將使早期診斷與及時的早療介入成為可能。

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