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Bioinformatics Knowledge Database 國網中心生物知識庫與生物計算服務系統: 期刊導讀

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結合基因表現及蛋白質網路找出優先基因的新方法
動機:辨認特定表現型(phenotype)或特質相關的候選基因(Candidate gene)是在生物及生物醫學研究上的一個重要課題。整合不同來源的資料來排定基因優先順序是基礎且重要的方法,當許多表現型的候選基因被研究出來後,便已產生了多種整合性的方法,但是,當沒有候選基因不存在時,如何針對特定表現型排序優先基因順序還是一個深具挑戰性的問題。 結果:我們發展一個新方法以利用整合基因表現資訊和蛋白質交互網路資料,去排序與特定表現型相關基因的優先順序,當這個方法被應用到酵母菌(Yeast)的基因表現資料和具有不同可靠度的基因表現資料時,我們的方法比起單只利用基因表現或蛋白質交互網路資料,以排序基因優先順序的方法要來的好,而我們的方法也勝過目前被廣泛使用的基因排序演算法GeneRank,我們便將這個新方法應用到排序阿茲海默症(Alzheimer's disease)的基因優先順序。  Ma et al. Nov 10. Bioinformatics. (2006) [NCBI原始文獻連結]
Posted by slayers on Thursday, December 21 @ 15:23:29 CST (1358 reads)
結合基因表現及蛋白質網路找出優先基因的新方法



果蠅RNA干擾篩選中普遍存在的非目標影響現象
  動植物細胞內的RNA干擾(RNA interference)是由長度大約為21~23的短核苷酸片段,透過與目標基因序列部份互補的方式,來調控基因在不同層級的表現。  透過結合許多物種基因體被定序,RNA干擾實驗有機會讓我們有系統的檢驗該物種所有基因具有的功能,但是由於RNA干擾序列不需要和目標訊息RNA產生完美的配對,造成RNA干擾會在干擾目標訊息核糖核酸之餘,會同時干擾到其他訊息核糖核酸的表現。  而在果蠅(Drosophila)細胞內導入雙股RNA(dsRNA)後,一種被稱為''Dicer"的核酸內切脢可將雙股RNA切割成小RNA干擾序列(siRNA),有效降低干擾非目標訊息RNA(off-targeting effect)的機率,研究人員針對果蠅S2R+細胞建立全基因的核酸干擾篩選,以篩選出全新可能的形態決定素Wingless(Wg)訊息傳導路徑的組成成份。  而在他們的結果中,發現這些組成成份可以透過利用非目標干擾影響已知路徑,或者是透過dsRNA和基因上的連續三核苷酸(trinucleotide)重複所產生的非目標干擾,進而影響Wg的反應,在篩選出來的組成名單中,有時會過度的預測,推測是偽陽性所造成的,他們提供一個簡易的評估方法,用來提升果蠅或其他物種中所做的全基因篩選的可靠性。Ma et al. Nature. Sep 21;443(7109):359-63. (2006) [NCBI原始文獻連結]
Posted by slayers on Wednesday, December 20 @ 00:28:03 CST (1508 reads)
果蠅RNA干擾篩選中普遍存在的非目標影響現象



與胚胎幹細胞多能化相關的蛋白質交互網路
  胚胎幹細胞(Embryonic stem cells)具有多能性(pluripotency),以及應用於再生醫療的治療潛能,從分子層次去了解多能性,可以釐清幹細胞的基本性質和細胞重新編程(reprogramming)的步驟。
  利用一種被同源結構(homeodomain)蛋白質Nanog所啟動的過程,透過細胞融合,體細胞可以取得胚胎細胞的表現型,Nanog負責維持胚胎幹細胞的多能性,並且被認為跟其他因子,例如 Oct4、Sox2,同樣具有建立胚胎幹細胞特性的功能,研究人員發現包含Nanog作用在老鼠胚胎幹細胞現象的蛋白質網路,在天然環境下循環利用親和純化(affinity purification)以及質譜儀(mass spectrometry)分析此蛋白質, 他們辨認出與之相關聯的蛋白質(包含Oct4),他們選取其中部分蛋白質做驗證,並建立其交互網路.
  他們發現這個交互網路富含維持胚胎幹細胞狀態以及調控分化的細胞核因子, 此網路亦連結到多個共抑制路徑,並且由許多被假定為轉錄目標的編碼基因組成,由上述種種關係顯示,這個緊密的蛋白質網路,似乎能做為多能化細胞的模型。
Wang et al. Nature. Nov 16;444(7117):364-8. (2006) [NCBI原始文獻連結]
Posted by slayers on Thursday, December 14 @ 16:01:05 CST (1439 reads)
與胚胎幹細胞多能化相關的蛋白質交互網路



弟妹增加兄姊罹患腦癌的可能性
Posted by c00hpl00 on Wednesday, December 13 @ 16:50:08 CST (1519 reads)
弟妹增加兄姊罹患腦癌的可能性



利用基因表現資料進行反應路徑辨識與擴充分析
QPACA(Quantitative Pathway Analysis in Cancer)系統是一個用來分析反應路徑脈絡的系統,他可以用來展示反應路徑,並且著重於解決反應路徑辨識與擴充分析的問題。
Posted by TerryYeh on Tuesday, December 05 @ 14:57:52 CST (1520 reads)
利用基因表現資料進行反應路徑辨識與擴充分析



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