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生物資訊

UNO GenomeBlast

GenomeBlast是一個發展來進行多個小型基因體的比對分析網頁工具,引進的一個新的參數「覆蓋率(coverage)」,並且用在序列相同度來評估全域基因相似程度。有了GenomeBlast,可以得到下列結果:(1)每一個基因體單一基因;(2)比較的基因體間可能的同源基因;(3)每一個基因體間的同源基因二維相似圖;(4)每一個基因存在與否的列表,以及基因體的親源關係圖。GenomeBlast架構在具有4CPU4GB記憶體的Linux伺服器上。

網站連結為http://bioinfo-srv1.awh.unomaha.edu/genomeblast/index.php

Mauve

Multiple Genome Alignment

Mauve是一種有效的建立多基因體序列比對的工具,可用來鑑定並比對存在具重新排列以及水平轉移的保留性基因體序列,多基因體序列比對工具提供了一個進行比較基因體學或是演化分析的新規模,比對整個基因體與比對短序列,基本上是不一樣的問題。

這程式已經被用來進行9種腸內菌 (enterobacteria) 的基因體序列比對,並建立所有重新排列的結構在三種哺乳動物的基因體。

網站連結為http://asap.ahabs.wisc.edu/mauve/index.php

The Gene Index Project

The Gene Index(TGI)計畫目標在於大規模收集不同物種的完整基因目錄,EST序列提供了大部分基因存在的證據以及該基因的結構,所以利用這樣的序列進行基因的註解,另外他們亦提供不同物種間相關基因與調控網路的交互參照,使得研究人員更能容易瞭解基因的調控機制。原先TGI由位於馬里蘭的基因體研究所(TIGR)所維護,目前已轉移至哈佛大學Dana-Farber癌症研究所維護。

網站連結為http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/

TaiBNET

Taiwan Biodiversity National Information Network

台灣生物多樣性資訊網(TaiBNET)建立了國內本土生物多樣性專家名錄以及台灣物種名錄兩個資料庫,目前已收集台灣分類及生態專家690人,以及7界共46645種生物物種,台灣物種名錄為一分類階層樹狀名錄,使用者可以輕易的了解該物種在分類上的地位階層,此資料庫亦具備查詢介面可供使用者查詢。

網站連結為http://taibnet.sinica.edu.tw/

HuGEIndex

Human Gene Expression Index

HuGEIndex網站的目標在於提供一個廣泛性的資料庫,來了解人類基因在正常組織中的表現,研究人員利用高密度的寡核甘酸微陣列技術取得數千個基因的mRNA表現量,並以此為基礎建立資料庫。目前資料庫共分為四個,分別是HuGEIndexStandard Gene SetHousekeeping Gene 以及Mesothelima Database

網站連結為http://www.biotechnologycenter.org/hio/

Webtraceminer

a public web service for processing, and mining EST trace files

WebTraceMiner 是設計來處理原始 EST 序列圖檔的公開服務,著重在偵測探勘序列的特徵,並幫助標示序列兩端插入的 cDNA,包含有載體片段、轉接體和連接體序列、限制酉每辨識位置,以及 polyA T

網站連結為http://www.conifergdb.org/software/wtm

KEGG PLANTS EGENES

a knowledge-based database for efficient analysis of plant ESTs

EGENES 是一個多物種的整合性資源,包含有基因體、化學以及基因體資訊,組成一個完整的基因或分子群,並且接成了一個生物反應路徑來代表細胞功能,利用 EGENES 目前亦可以進行基因體路徑註解與 EST 註解的相互比對。

網站連結為http://www.genome.jp/kegg-bin/create_kegg_menu?category=plants_egenes

CellDesigner

A modeling tool of biochemical networks

CellDesigner是一個結構化的基因調控及生化網路圖示編輯器,利用根據系統生物標示語言(System Biology Markup LanguageSBML)建立的圖形標記,即可繪製基因調控及生化網路展示模組,此網路甚至可利用系統生物工作平台(System Biology Workbench)連結至分析工具進行模擬。

網站連結為http://www.celldesigner.org/

VisANT

An integrative platform for network/pathway analysis

VisANT是一個用來視覺化以及分析不同形式的生物交互作用網路,並且以網頁為基礎的軟體架構,它具有下列功能:(1)一個可用來合併及註解網路資料的視覺化介面,(2)支援來自GeneOntologyKEGG資料庫的不同生物基因體功能及註解資料,(3)具有統計分析工具可分析使用者自行定義的網路。

網站連結為http://visant.bu.edu/

KGML-ED

A graphic KGML pathway editor

KGML-ED是一種可以動態、互動及編輯KEGG反應路徑圖譜的方法,利用一種新的結合半靜態及動態視覺化的方法,即可轉化為KEGG標示語言(KGML)呈現視覺化的瀏覽,亦可編輯或重新創造新的KGML檔案。

網站連結為http://kgml-ed.ipk-gatersleben.de/

EBI 2can
Bioinformatics Support Portal

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歐洲生物資訊研究所(EBI)建立此一網站提供簡明分子生物與生物資訊學的基本概念介紹,目的在於讓使用者能夠瞭解EBI提供了哪些工具及資料庫,並且讓他們所提供的服務能夠更容易的上手使用,並且提供許多類似資源的網站供使用者瀏覽。

網站連結為http://www.ebi.ac.uk/2can/

EBI Biomart Project

biomart

BioMart是由歐洲生物資訊研究所(EBI)與冷泉港實驗室(CSHL)共同開發的一套查詢導向的資料管理系統,這個系統可依據不同的需求安裝不同的工具與介面,也能接受各種不同的格式的資料。
BioMart
內建有針對處理大量資料時的查詢最佳化功能,以便處理基因體序列或是微陣列實驗資料。
BioMart
的資料可透過網頁或是Java介面查詢,目前BioMart軟體是開放源碼的,可由EBI網站下載安裝使用。網站連結為http://www.biomart.org/

ISB BioTapestry Project BioTapestry

BioTapestry是由美國系統生物學研究所(Institute of Systems Biology)以及加州科技研究所(California Institute of Technology),共同建置的一套可以建立、視覺化及模擬基因調控網路的互動式工具,這個軟體利用Java寫成的,具有可以跨平台的特性,可透過網頁啟動。
建置這軟體的目的在於能夠完整呈現一個發育調控網路模型,例如他們利用這個軟體建置了海膽中胚層發育的調控網路模型。

網站連結為http://www.biotapestry.org/

LICR pSTIING pSTIING_1

pSTIING是由美國Ludwig癌症研究所(Ludwig Institute for Cancer Research)建置的一套可以透過網頁公開使用的知識庫系統,他們從文獻、生化實驗、活性實驗以及活體研究中,統整了人類、大小鼠、果蠅、線蟲與酵母 菌的資訊內容,包含有發炎、細胞遷移以及腫瘤形成時,蛋白質與蛋白質、蛋白質與脂質、蛋白質與小分子、配體與受體交互作用、受體與細胞形式以及轉錄調控、 訊息傳導等模組資訊。
這個知識庫系統可以幫忙動態建立蛋白質交互作用與轉錄調控與訊息傳導網路圖,可以讓使用者瞭解各個參與分子與訊息之間交互連繫的重要關係。

網站連結為http://pstiing.licr.org/

FHCRC BioConductor

bioconductor

BioConductor起初是由Fred Hutchinson癌症研究中心發起的計畫,之後有許多來自不同國家的研究人員參與,這個計畫是一個為了分析理解基因體資料的開放源碼計劃。
這個計畫以R統計程式語言為基礎,搭配R統計語言可以進行許多的基因體資料分析,每年會推出兩個更新版本,或是搭配著R統計語言版本更新,大部分的BioConductor的套件是用來分析各種不同基因微陣列資料的。

網站連結為http://www.bioconductor.org/

R統計程式語言http://www.r-project.org/

BioLinux biolinux

BioLinux是一個收集許多容易安裝的生物資訊工具RPM套件的中心,生物學家不需花很多時間在安裝及調整這些複雜的工具上,只要下載這些RPM套件,一個簡單的指定就可以安裝好,並且可以馬上使用。
BioLinux
並不打算成為一個Linux發行套件(像是RedHatSuSE),但他們為這些現有的Linux發行套件提供RPM套件,目前可以適用的Linux發行套件有RedHat 9 (Shrike)Fedora Core 1 (Yarrow)Fedora Core 2 (Tettnang)以及SuSE 9.1

網站連結為http://www.biolinux.org/

 

CNRS TCoffee t-coffee4

TCoffee收集了計算、評估與操作多重蛋白質序列及結構比對的工具,包含了TCoffeeMCoffee以及3DCoffee等程式。
原先版本的TCoffee是用來進行多重蛋白質或核酸序列比對的套件,從2.0版以後,提供了序列以及結構的比對。TCoffee可以將不同的多重或雙序 列比對、廣域與區域比對的結果組成單一的結果,使用者的序列比對結果可能來自不同來源,但TCoffee可以將這些結果以一個統一的標準來重新評估。此軟 體亦可下載至使用者的伺服器中使用。

網站連結為http://www.igs.cnrs-mrs.fr/Tcoffee2/tcoffee_cgi/index.cgi

 

TargetIdentifier

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TargetIdentifier是一個用來鑑定EST所組成的contigsingleton是否為full-length cDNA的網頁伺服器,利用BLASTX做為後端的計算的工具,尋找蛋白質的轉譯區域與可能的起始與終止密碼子,並利用計算結果提供使用者判斷是否該序列 full-length cDNA

網站連結為https://fungalgenome.concordia.ca/tools/TargetIdentifier.html

 

TreeView X

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TreeView X是一個展示演化樹的開放原碼程式,可以安裝在LinuxUnixMacOS X以及Windows作業系統上,這個軟體可以展示NEXUS以及Nweick格式的樹檔,例如利用PAUP*ClustalXTREE- PUZZLE等程式產生的樹檔。

網站連結為http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/

RGL -- R OpenGL 套件

RGL 是一套 R 的套件,它可以讓使用者在 R 的環境下畫出高品質的 OpenGL 3D 圖形,更可以讓使用者透過滑鼠旋轉或放大圖形,即時的看到圖形的每個角度,用起來不輸 Matlab,對於有 3D 資料分析需求的使用者來說,相當方便

網站連結為 http://rgl.neoscientists.org/about.shtml

中文網站介紹

 http://sealmemory.blogspot.com/2008/10/rgl-r-opengl.html

 

R

R 是一套跨平台且免費的統計軟體,它是 S 語言的開放源碼實作(相當於商業軟體中的 S-plus)。在 CRAN 的網站上提供了非常多使用者自行開發的套件,其中也包含了許多生物相關的統計工具,因此 R 擁有非常強大的統計分析與繪圖能力。在執行速度上, R 也可以使用 C C++ 等程式撰寫模組,加快其執行效率,或是直接在 C C++ 中呼叫 R 所提供的函式。

網站連結為 http://www.r-project.org/
CRAN: http://cran.r-project.org/